Se você usar um saco de sanduíche com um canto cortado, agora você tem um saco de tecido improvisado :). Basta encher o saco, torcê-lo e depois cortar um canto.
O problema que vejo ao tentar assar um cupcake com um centro de creme, é este:
Mesmo se você tiver o creme pré-fabricado (e provavelmente resfriado) não será difícil o suficiente para "embrulhar" a massa do cupcake. Normalmente cupcake batter não é muito firme, e você acabaria com uma bagunça. Isso pode trabalhar com uma massa mais pesada, talvez uma massa ou algo assim. O creme vai durar muito bem, é apenas o ato de suspendê-lo de alguma forma na massa do bolo o tempo suficiente para o batedor se transformar em bolo, o que é pouco prático.
A única outra coisa que eu poderia pensar é, talvez, fazer um creme de gelatina e espero que ele aguente o tempo suficiente para o batedor cozinhar. A desvantagem para isso, obviamente, é que você vai acabar com creme de gelatina se os cupcakes não são comidos quentes, e em cima disso, tentando acertar a quantidade perfeita de gelatina seria muito difícil.O congelamento do creme provavelmente não funcionará.