Infelizmente, muitos tipos de fermentação produzem CO2 como subproduto; portanto, a presença de bolhas dificilmente fornece mais informações do que 'está viva'.
Se o que você deseja é uma identificação precisa de qual cepa de levedura e bactérias está presente no seu iniciador, não vejo maneira mais fácil do que olhar ao microscópio ou fazer uma análise laboratorial.
Se você apenas deseja determinar heuristicamente se levedura ou bactéria está presente, a maneira mais fácil é adivinhar a partir do perfil de sabor e cheiro do seu iniciante. O palpite pode ser mais ou menos educado, dependendo do seu treinamento, assim como na degustação de vinhos.
Por exemplo:
cheiro de álcool sugere a presença de leveduras, os agentes mais comuns responsáveis pela fermentação alcoólica.
O cheiro de vinagre está associado ao ácido acético, que é o subproduto da fermentação da glicose por bactérias da AAB família (ácido acético).
o cheiro de acetona (polidor de unha) geralmente está associado à presença de acetato de etila, a esterificação de etanol + ácido acético. Assim, meu palpite aqui seria a presença de ambas as bactérias da família AAB e leveduras, que produzem o etanol através da fermentação alcoólica usual.
O sabor / cheiro azedo (como iogurte) é geralmente associado ao ácido lático, subproduto da fermentação láctica que sugere a presença de bactérias da LAB família.
Estes são os exemplos mais óbvios, mas você pode ir mais sofisticado e tentar também identificar notas mais sutis, como tons de frutas específicos associados a alguns ésteres, etc. Um bom lugar para aprender sobre essas coisas são os recursos nos sites de cerveja, especialmente no que diz respeito cerveja selvagem (lambic) - um processo semelhante ao cultivo de um fermento de fermento. Veja, por exemplo, este fio ou esta wiki.
Observe que é muito provável que o que você realmente tenha seja uma combinação desses processos. E, como mostra o exemplo do cheiro de acetona, a combinação de dois processos pode levar a mais do que a simples soma de seus subprodutos. Também é importante ter em mente que algumas dessas moléculas podem ser produzidas por bactérias e leveduras (como o etanol, embora as leveduras sejam geralmente mais eficientes). É isso que torna uma cultura de fermentação complexa e única. Alterando a hidratação da sua cultura, você também altera o equilíbrio de bactérias e leveduras, uma vez que certas cepas são mais ou menos hidrofílicas.