De acordo com David Lebovitz :
Because natural cocoa powder hasn’t had its acidity tempered, it’s generally paired with baking soda (which is alkali) in recipes. Dutch-process cocoa is frequently used in recipes with baking powder, as it doesn’t react to baking soda like natural cocoa does.
Então, se você estiver usando cacau não-Dutched (natural), você pode usar bicarbonato de sódio para fermento, mas você não precisa. Como mencionei nos comentários, a grande maioria das receitas de biscoitos de chocolate, na verdade, chamam de fermento em pó. Eu suspeito que parte da razão para isso é que muitas pessoas não sabem a diferença entre os cacauados e não-tratados, e em alguns lugares fora dos EUA, o processamento holandês é a norma. Não há mal nenhum em usar ácido adicional (como cacau natural) com fermento em pó. O efeito do ácido adicional não é suficiente para que você possa perceber isso.
Observe também que, se você usar bicarbonato de sódio para fermento, você tem que assar imediatamente. O bicarbonato de sódio, como o fermento em pó de ação única, causa a liberação de dióxido de carbono somente quando é misturado com o líquido (e ácido, no caso do refrigerante) na receita. Não reage ao calor do forno. Então, sua ação de fermento é de curta duração.
O fermento em pó é aproximadamente um terço de bicarbonato de sódio, portanto, se você optar por substituir o bicarbonato de sódio por um fermento em pó em uma receita que contenha bastante ácido, use um terço da quantidade de refrigerante para fermento em pó.
EDIT: Acabei de encontrar esta resposta: Como posso identificar o processo holandês de cacau? por hobodave. Essa resposta excelente tem mais informações que você pode achar útil. De nota no que se refere à sua pergunta é este parágrafo:
There is a bit of misinformation that floats amongst bakers that the pH of the cocoa can affect the leavening of the baked good. Many recipes will actually sternly suggest using either Dutched or natural cocoa depending. This makes sense since leavening is a sort of balancing act that involves both acids and bases. However, it has been experimentally shown that this does not actually occur, and baked goods made with both Dutched and natural cocoa powder showed no differences in leavening.
Então ele concorda. Embora seja bom substituir o bicarbonato de sódio por um fermento em pó ao introduzir o cacau natural, é desnecessário. Nenhuma modificação do agente de fermentação é necessária.