Não consigo encontrar respostas definitivas para esta questão on-line. Toda a discussão que pude encontrar é especulação.
Fatores que fazem com que a proteína de soja coagule são o calor, a acidez e a presença de sais de magnésio ou cálcio. Além disso, as proteínas são mais propensas a coagular se forem aquecidas muito rapidamente.
Assumirei que você aqueceu seu café e leite de forma idêntica com e sem o sal. Se você tivesse mudado a ordem de adicionar água fervente, por exemplo, isso poderia ter impedido a sua coagulação.
Se você tiver água dura, haverá uma boa quantidade de sais de cálcio em sua água. Café em si também tem um bom bocado de magnésio. Esses sais irão coagular as proteínas de soja mais prontamente do que a acidez.
O cloreto de sódio não causa a coagulação das proteínas de soja. Os íons de cloreto de sódio irão substituir os íons de cálcio - isso é usado em amaciantes de água e imersão de feijão.
Minha suspeita (que para provar exigiria mais experimentos do que eu tenho tempo agora) é que os íons de sódio estão impedindo os íons cálcio e magnésio de coagular suas proteínas de soja.