Quimicamente os poços gravados no seu pote são a ausência do material de aço inoxidável que compõe o pote. Em outras palavras, as manchas brancas que você está vendo são onde uma pequena quantidade de aço inoxidável foi removida da superfície da panela, como se tivesse sido raspada. Assim, os caroços são completamente inofensivos porque na verdade não são nenhum tipo de substância química.
Quimicamente, o que faz com que as marcas gravadas apareçam é que o cloro do sal ataca a película passiva de óxido de cromo que normalmente protege a superfície do aço inoxidável. O aço inoxidável recebe suas propriedades resistentes à corrosão através da adição de cromo. Quando exposto ao oxigênio, o cromo no aço se oxida e forma uma camada muito fina de óxido de cromo na superfície do metal. Essa camada impede que o oxigênio entre no aço, impedindo a oxidação (ferrugem).
Normalmente, o aço inoxidável não é prejudicado pelo sal dissolvido na água ou pelo cloro encontrado na água da torneira. No entanto, as coisas são diferentes quando um grão de sal fica no fundo de um pote. Ele se dissolverá em íons de cloreto (junto com íons de sódio) que são concentrados contra uma pequena mancha na superfície da panela. O que exatamente acontece então é totalmente claro, eu li descrições conflitantes, mas a reação parece se reforçar, fazendo com que a camada de óxido de cromo naquele local seja removida. Isso expõe o aço por baixo a danos tanto pelo cloreto do sal como pelo oxigênio dissolvido na água.
(O Chemistry Stack Exchange tem uma pergunta sobre como o cloro ataca o aço inoxidável se você quiser uma explicação mais científica.
Não há realmente nada que você possa fazer ou precisar corrigir os pontos no fundo do seu pote. Você não pode remover algo que não está lá. Uma nova camada de óxido de cromo já se formou sobre os poços e seus potes são tão resistentes à corrosão quanto antes.