Eu tive mais sorte congelando a massa de pão antes de subir, ou pelo menos depois de socar. Nas temperaturas normais do congelador doméstico, a levedura pode continuar crescendo muito lentamente. Se você congelar o pão já ressuscitado, arrisca-se a obter uma panqueca plana com gosto de levedura :-).
E, claro, você está certo em analisar o processo de descongelamento também. Se você tentar empurrar isso rápido demais, você pode acabar matando o fermento completamente.