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Eu infundi jalepenos por 1-2 semanas com sucesso, não sei se existe um limite superior além disso. O álcool deve evitar a deterioração e o pH é muito baixo para que o botulismo seja uma preocupação.
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Infundir tudo é ok. Haverá muito mais calor se você deixar as sementes e as membranas.
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Cozinhar mudará o sabor. Só faça isso se quiser o sabor de um chile cozido.