Quando a Umbrella assumiu o controle de Jill Valentine?

Não, você não perdeu nada.

Jill Valentine desapareceu após o final de Resident Evil: Apocalypse e veio nas cenas pré-crédito de Resident Evil: Afterlife com a aranha vermelha amarrada a ela. Não é explicado ainda como ela conseguiu o controle dela através daquela coisa de aranha. Mesmo no Resident Evil: Retribution não há explicação para isso.

Originally, Jill Valentine was to appear in Resident Evil: Extinction as the leader of the convoy. Her role would've have been major and involved a subplot concerning her resentment toward Alice for killing Angela while under the control of Umbrella and her eventual sacrifice for the convoy when she became infected by a zombified Carlos. However, Sienna was unable reprise her role as Jill because of scheduling conflicts with Eragon. As a result, she was written out of the movie and replaced with Ali Larter as Claire Redfield.(source)

Provavelmente não tem nada a ver com os filmes, mas ela também teve o problema no peito nos jogos, e há uma resposta definitiva para isso nos jogos Resident Evil (principalmente Resident Evil 5).

Jill e Chris estavam em uma missão juntos para prender Wesker, e enquanto lutava contra Wesker no último andar de uma mansão na Europa, Wesker estava prestes a matar Chris, mas Jill se sacrificou para salvar Chris, atacando Wesker pela janela. Seus corpos nunca foram encontrados, e Jill e Wesker foram considerados mortos. Aproximando-se do final do jogo você descobre que Wesker havia sobrevivido ao outono e, ao fazê-lo, sequestrou Jill e colocou o inseto vermelho nela, mantendo-a como sua escrava.

Mas as experiências que Chris, Jill e Claire tiveram com Wesker quase não são insinuadas nos filmes, então provavelmente é diferente, especialmente considerando que ela estava sob o controle da Umbrella no filme e não no de Wesker. (A menos que a Umbrella tenha pegado Jill do Wesker em algum momento.)