Seu primeiro passo seria seguir a receita. Sabe-se que as alterações de pH interferem nos pigmentos das plantas. Adicionando bicarbonato de sódio e vinagre pode muito bem ter interferido com algo nos muffins, seja o chá ou outra coisa. Eu não estou 100% certo de que deve ter sido isso, mas é a razão mais provável.
Além disso, eu recomendaria não fazer alterações em uma receita antes de você ter tentado como está escrito. Você não pode saber como as mudanças o afetam, e quais conseqüências não intencionais elas têm, até que você tenha estabelecido uma referência. Por exemplo, você não pode saber se sua adição de bicarbonato de sódio tornou os queques mais macios e mais escuros, ou se apenas os deixava escuros sem qualquer alteração na maciez.