Na Polônia, qualquer grão precisa ser inspecionado quando entregue do agricultor à empresa que o compra e armazena. E então é inspecionado poucas vezes mais antes de chegar ao consumidor final. Se você comprou em uma loja de alimentos, e se o seu país tem legislação semelhante (muitos países o fazem), deve ser seguro.
Eu ouvi, mas nunca fui capaz de confirmar ou desacreditar, que às vezes os grãos de grau alimentício são tratados com substâncias químicas que impedem a germinação e a deterioração. É claro que pode depender da região em que você está, mas se for esse o caso, você não será capaz de maltá-lo, obviamente. Mas você verá seu grão não brotando, então não há nenhum mal em tentar.
Agora, ergot. Os produtos químicos que produz podem causar alucinações, cãibras musculares e até mesmo necrose de mãos e pernas, e a temperatura não remove essas toxinas. Todos os efeitos mencionados foram observados em pessoas que comiam em produtos assados. É claro que os efeitos dependem da dosagem, mas se você tiver dúvidas sobre o ergot e não conseguir inspecionar o grão, jogue-o fora. Para pequenos lotes de grãos, ergot deve estar visível: 
Infelizmente, é menos visível quando o grão está molhado e praticamente impossível de ver na farinha.
Eu acredito em "melhor prevenir do que remediar". Outros fungos podem deixar toxinas que são ruins para você e não podem ser removidos também. Nem tudo será tão visível quanto ergot, e felizmente a maioria deles não é tão ruim para você também. Ainda prefiro jogar fora alguns grãos e comprar um seguro depois de arriscar envenenar.
Para o equipamento, lembre-se da malta de piso. Não há necessidade de pensar demais nisso. Se o grão fosse seguro, tenha cuidado para manter as coisas limpas.