EDITAR
Eles descobriram que a farinha não-branqueada funciona de forma praticamente idêntica à farinha branqueada em molhos, mas eles alertam que alguns testadores podem provar notas em algumas aplicações feitas com farinha branqueada. A diferença é mais pronunciada em aplicações onde a proporção de farinha para outros ingredientes é alta.
In baking tests, bleached flour was criticized for tasting flat or having “off” flavors (texturally, the flours behaved the same). These characteristics, however, were much harder to detect in recipes with a high proportion of ingredients other than flour, such as cornbread or oatmeal cookies.
De acordo com a ATK, a farinha não branqueada é preferível ao branqueamento. Você pode achar que realmente gosta mais do seu pão usando farinha crua.
Curiosamente, o link na resposta do @dougal 2.0.0 contradiz diretamente o ATK. Kitchn prefere farinha branqueada para quickbreads, alegando que a farinha branqueada é mais suave.
Então, cozinheiros experientes discordam. Eu direi que freqüentemente faço pães rápidos incluindo abobrinha. Eu sempre uso farinha crua, e nunca vi nenhum motivo para comprar branqueada.
Resposta original
Pelo melhor de meu conhecimento, eu não acho que exista uma diferença entre farinhas não-branqueadas e branqueadas em uma aplicação em particular além do que rapidamente se torna óbvio.Então, se você usou as duas farinhas em seu pão, não vejo outra razão senão a preferência ou a economia para usar uma ou outra.