Isso é um pouco especulativo, mas aqui está o que eu acho que aconteceu:
Você estava voando a cerca de 35.000 pés, no espaço aéreo RSVSM . O jato de combate estava corretamente na pista a 1000 pés abaixo de você. Sem quaisquer outros guias de distância, você tentou avaliar sua distância por tamanho aparente comparado ao tamanho real. Você pode ter subestimado o tamanho de um jato de combate; Eles normalmente têm cerca de 15 metros de comprimento. Eu sei que eu sempre achei que eles eram muito menores. Assim, o que parecia ser "ligeiramente abaixo" estava, na verdade, a mais de 300 metros abaixo de você.
Quanto à pergunta mais geral que você postou: as forças armadas podem chegar tão perto de outras aeronaves quanto desejarem, através de um procedimento chamado Militar Assume a Responsabilidade pela Separação de Aeronaves, ou MARSA (graças ao fooot por apontar isto!). Geralmente isso só acontece com uma aeronave civil durante uma interceptação. Não conheço os procedimentos específicos que são seguidos, mas sei que, no passado, os pilotos de interceptação se aproximaram o suficiente para escolher indivíduos no cockpit.
Quanto à aplicação, a questão é nula. Geralmente, se os pilotos civis violarem a separação sem colocar ninguém em perigo, o controlador de tráfego aéreo apenas gritará com eles por algum tempo, mas isso dependerá do caso. A FAA não tem muita autoridade sobre as forças armadas, no entanto. Se o controlador de tráfego aéreo passasse a informação para as forças armadas, talvez pudesse haver algum tipo de ação corretiva, mas neste momento estou apenas supondo.