Não, não será um problema.
Para segurança de conservas , tempo, temperatura e acidez suficiente são as variáveis relevantes. Nenhum dos dois é afetado pela sua substituição.
Prove-gosto mudando de limão para lima vai mudar os resultados, mas obviamente esse é exatamente o seu objetivo. (Boa idéia, que "Strawberry Margarita preservar" btw.)