Eu não tentei, mas não vejo por que não. Claro, os pepinos têm muita água, mas você já está esmagando-os em um liquidificador ou processador para fazer o molho, para que você não tenha que se preocupar com a ruptura das membranas celulares.
Suponho que, se você fizesse algum tipo de tzatziki volumoso, poderia estar preocupado com uma mudança na textura. Eu nunca vi um tzatziki robusto (e não parece muito apetitoso, IMO), mas procurando no Google, eu encontrei conselhos mistos sobre este assunto. Algumas das receitas que encontrei pedem para cortar ou picar finamente os pepinos e, nesse caso, posso ver por que você pode ter alguns problemas.
O Globalpost.com tem este conselho em uma página chamada, apropriadamente, Como Congelar o Tzatziki :
You can freeze extra tzatziki for later use, but don't expect perfect
results as you might with foods such as lemon curd. Cucumbers usually
become mushy when frozen, but the acidity in yogurt does protect some
of the original crunch. Yogurt fares better in the freezer, but some
liquid separation can occur and it might taste more acidic when
thawed. You can stir the liquid into the tzatziki sauce after it
thaws, but it might not be as smooth.
......
If the cucumbers become too mushy in the thawed tzatziki, you can
strain them out of the yogurt and stir in fresh cucumbers.
Meu conselho seria, tente purê seus pepinos muito bem para o molho que você pretende congelar, para minimizar qualquer alteração na textura.