Pode haver algumas razões para isso:
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Deixar os tomates em açúcar permite que eles macerem, o que quebra as paredes das células e retira a água da fruta, tornando-as muito mais macias.
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Se sua receita pede pectina, o açúcar pode ser para gelificação. A pectina precisa de açúcar para gelificar adequadamente, e a maceração provavelmente introduz mais açúcar no interior da fruta do que teria normalmente.
Se as restrições dietéticas proibirem a adição de açúcar, isso provavelmente poderia ser deixado de lado. Se você deixar de fora, eu sugeriria substituí-lo por um adoçante sem açúcar e um agente espessante além da pectina (ou nenhum açúcar necessário à pectina).
No entanto, se você está em conserva e armazená-lo por um longo tempo, eu não recomendaria alterar a receita. Alterar as receitas que foram projetadas para conservas e armazenamento pode levar a um pH inadequado no produto e ao desenvolvimento do botulismo à medida que envelhece.