Pode ser por causa do tipo de levedura sendo usado. Máquinas de pão de cozimento rápido (ciclo de 1 hora) normalmente requerem fermento "instantâneo" que aumenta muito mais rápido. As máquinas de pão de cozimento padrão (ciclo de 2-3 horas) precisam de levedura regular, que fica ativa por mais tempo. Parece que você está usando levedura instantânea em uma receita padrão; Assim, o fermento pára de funcionar antes que a máquina de pão chegue ao segundo ciclo de elevação. A falta de cozimento pode ser porque a massa resultante é mais densa do que a máquina espera, assim não aquece com o tempo.
Infelizmente, os nomes comerciais da levedura "Regular Active Dry" e da levedura "Instant Dry" podem ser muito confusos.