Feijão roxo tem apenas pigmentos ligeiramente diferentes, e o roxo realmente desaparece quando você os cozinha.
Não há nada de especial sobre esse pigmento que faria com que sua sopa se estragasse. Embora seja possível que o feijão, ou algum outro ingrediente, tenha causado mal, não é culpa da própria cor.
O gosto "espumante" e azedo que você descreve nos seus comentários sugere fermentação ou atividade bacteriana. Eu acho que algo estava errado com feijões secos que você ensopou e cozinhou, já que você vê que esse tipo de atividade começa se você deixar os feijões de molho por mais tempo, então só precisa reidratá-los. Eles ficaram ambos ensopados e depois totalmente cozidos?
De qualquer forma, esse é um candidato mais provável contra a cor de um feijão branco fresco ou congelado.
EDIT - Eu vejo que o OP comentou que ela deu alguns dos feijões a um amigo, que os branquearam imediatamente e disseram que foram mal. Parece que o feijão pode ser o culpado, mas não por causa da sua cor, por si só.