Provavelmente, os drones podem ter geradores de blindagem. Um dos usos dos escudos da nave é desviar os detritos espaciais, para que os escudos possam bloquear os objetos balísticos. A única pergunta que resta é que os borgs poderiam colocar esse tipo de proteção em um drone. A resposta seria quase certamente sim, se o plano exigisse isso.
Por que não, balas através de anteparos é uma coisa ruim. Você não quer que seu ar vaze, ou que as balas pulem dentro de uma sala, ou atravesse as paredes e mate seu vizinho, ou destrua algum equipamento importante. Armas de projéteis dentro de um navio quase certamente seriam muito perigosas.