Você pode usar trigo-sarraceno para massa de pizza, mas não será nada como uma farinha de trigo. O trigo mourisco não é na verdade um grão e não contém glúten. O glúten é o que dá massa de pizza é textura chewy (e faz com que seja elástica quando você está jogando a torta).
Você precisa substituir algo como xanthum gum para compensar isso. Se você quiser seguir esse caminho, procure no Google 'baking sem glúten' para conselhos e orientações.
Por outro lado, o trigo mourisco faz um excelente substituto parcial de farinha em panquecas.