Resposta curta: a maionese da loja tem menos gemas por volume de óleo e as gemas dão a maior parte da cor amarela.
Principalmente a razão é que a maionese da loja adiciona água, em vez de depender da umidade das gemas e do vinagre. Para citar Sobre comida e culinária , página 634:
Though cookbooks often say that the ratio of oil to egg yolk is critical, that one can only emulsify a half-cup or cup of oil, this isn't true. A single yolk can emulsify a dozen cups of oil or more. What is critical is the ratio of oil to water: there must be enough of the continuous phase for the growing population of oil droplets to fit into.
Isso significa que você pode usar menos gemas e adicionar água para obter seu volume. Como as gemas conferem a maior parte da cor amarela (de pigmentos vegetais chamados xantofilas), isso reduz consideravelmente a cor.
A maionese da loja também usa alguns ovos inteiros, não apenas gemas, que também não emulsionam, mas são mais baratas. Isso reduz ainda mais a quantidade de gema no resultado. Observe que, embora as maionese caseiras possam usar gemas, as maioneses da loja podem se livrar da clara de ovos usando máquinas muito poderosas para emulsionar a maionese e, em alguns casos, adicionar emulsificantes como a lecitina para ajudar a estabilizá-la.
O experimento!
Um ovo inteiro, muito jumbo, com um pouco de vinagre de vinho branco (cerca de 15 mL). Para o óleo, usei óleo vegetal com um pouco de azeite. A quantidade total de óleo usada foi de 1,5 xícaras ou 350 ml.
Primeiro, tentei criar maionese chicoteando manualmente com um mini-whisk. Ficou amarelo pálido e engrossou um pouco, mas recusou-se a engrossar completamente. Isto confirma que fazer uma maionese caseira à mão requer gemas ou algum tipo de batida / mistura mecânica; ovos inteiros simplesmente não emulsionam bem o suficiente. É justo dizer que o resultado é bastante amarelo quando não está totalmente misturado.
Em seguida, dei uma chance ao meu liquidificador de imersão:
Veja o quanto mais leve e pálida é a maionese! Só posso especular que o liquidificador criou uma emulsão muito mais fina e incorporou mais ar, reduzindo o impacto da cor do óleo e da gema na luz dispersa fora das micro-gotículas.
Finalmente, fui em frente e adicionei aromas (um pouco de mostarda dijon, uma tonelada de páprica, sal, pimenta e mais vinagre). Nesta comparação contra a maionese comercial, você pode ver que o resultado agora é mais escuro e mais laranja, cortesia da páprica. Também está claro o quão perto a cor estava antes de adicionar páprica. 
Claramente, o uso de ovos inteiros é a maior parte da equação. É claro que adicionando mais água para diluir a emulsão e depois adicionando óleo para obter a consistência adequada, eu poderia fazer isso ainda mais pálido, muito perto de armazenar maionese. O uso de misturadores mecânicos pode auxiliar no processo, produzindo uma emulsão mais fina e mais pálida.
As receitas que incluem páprica também produzem um resultado mais amarelo-alaranjado ; Acho que é por essa razão que minha maionese comercial usa "óleo-páprica" no lugar da páprica moída.
Finalmente, o uso de azeite mais strongmente colorido parece escurecer a maionese resultante . Dada a branda maionese com apenas um toque de azeite, gostaria de incentivá-lo a misturar na água e óleo adicional, em vez de evitar o azeite. Idealmente, a água seria adicionada sobre uma colher de chá de cada vez, quando a maionese ainda é um pouco líquida.