Talvez use um pouco menos de enchimento?
Você está formando as bolas ganache à mão, você mencionou, então pode ser possível formar um pequeno bolso ou uma abertura em algum lugar do recheio enquanto você o rola (talvez com um palito de dentes), para que quando o chocolate encolha, haja espaço para o enchimento extra ir em vez de rebentar a casca. Eu acho que funcionaria melhor se houvesse uma maneira de sair do ar - uma alfinetada através do chocolate para o bolso de ar, que pode ser coberto após o fato por um pouco de chocolate ou decoração. Mas se a diferença no volume é pequena, pode funcionar sem isso.
Como alternativa, você poderia controlar o efeito perfurando a trufa através da cobertura de chocolate, digamos, sobre qual será a parte inferior da superfície. Um pouco de enchimento provavelmente vazará quando esfriar, mas isso pode ser raspado, o buraco será pequeno e controlável, e novamente - coberto com apenas um pouco de chocolate derretido ou outra decoração, se você quiser. Muito menos chance de rachaduras ou outros danos visíveis.
Finalmente, você pode tentar mergulhar em duas camadas. Se houver uma lacuna, por menor que seja, o preenchimento para equalizar sua primeira concha não irá rachar ou perfurar - e uma lacuna maior terá uma curva mais suave. Uma segunda casca fina, sobreposta e alisando sobre a primeira abertura, deve torná-la quase invisível. Você poderia mergulhar cerca de metade de cada vez, ou três quartos para um pouco mais de sobreposição, ou quase toda a trufa duas vezes para mais chocolate por trufa, como você preferir.