Há menos diferença do que você imagina. Heck, com a adição de um pouco de cloreto de cálcio (para ajudar a ligar as partículas de leite), você pode até fazer queijo com leite desnatado. Folheei a seção de Harold McGee sobre leite com baixo teor de gordura, e ele não dá nenhum aviso sobre usá-lo na culinária.
Claro, tenha em mente que seu resultado não terá a mesma textura. Eu duvido que você perceba, a menos que o leite seja o ingrediente principal do molho (e não há outro agente espessante) ou líquido primário na massa. Se eu fosse forçado a encontrar uma maneira de me ajustar ao uso de baixo teor de gordura, eu provavelmente acrescentaria um pouco mais de leite se estivesse buscando sabor, ou um pouco menos se estivesse procurando textura.