Sim, é claro que você pode manter a farinha no freezer. Para a farinha de trigo integral, que é suscetível a rancidez devido à inclusão da gordura do grão integral, é até recomendada.
Para farinha branca, de acordo com a Extensão da Universidade de Nebraska no Condado de Lancaster (grifo nosso):
For longer storage, keep white flours in the refrigerator in an airtight container. All-purpose and bread flour will keep up to two years at 40 F in your refrigerator, according to the Wheat Foods Council. They can be stored indefinitely in the freezer.