Polvilhar sal no topo não terá o mesmo efeito que misturá-lo no batedor, você terá um grande sucesso de sal de uma vez e, em seguida, nada no próprio brownie que eu não esperaria ser muito agradável.
Algumas receitas retêm parte do sal do brownie e o colocam em um molho para o topo, como um chuvisco de caramelo salgado. Isso funciona porque não é sal puro no topo e ainda há sal na massa.