Eu corri uma loja da escola e também uma lanchonete da faculdade há alguns anos e tenho visto isso muitas vezes com novos membros da equipe.
O problema da descoloração é qualquer dano à pele. Se preparar cenouras com antecedência ou em quantidades maiores (cortadas, raladas, etc), a pele precisa ser completamente removida antes do armazenamento. Se algum vestígio de pele for deixado, eles terão uma descoloração marrom.
As cabeças são um assunto diferente. As cenouras são vegetais de raiz e, como as batatas, se houver umidade na área, haverá sinais de crescimento. Não é prejudicial, eles podem ser cortados um pouco mais abaixo e quaisquer novas raízes finas que começam a crescer podem sair com o descascamento. Ao cortar para cima você pode ver a coloração verde mais abaixo no centro. Isso não é prejudicial, na verdade nutricionalmente adiciona um pouco de clorofila e folato entre outros à dieta, mas pode ter um sabor amargo.
Espero que isso seja útil, boa sorte