Gougeres não são recheados, pelo menos em Bourgogne. A massa contém o queijo (Gruyere) e nada é adicionado após o fato. As gougeres bem cozidas têm o queijo no centro ainda úmido e pegajoso, dando a impressão de um recheio após o fato, quando na realidade o queijo tem estado na massa o tempo todo. Se o interior do seu gougere estiver seco, ele está no forno por muito tempo. Note que usar qualquer outra coisa além de gruyere, ou eventualmente comté, provavelmente não vai ter o resultado delicioso.
Eu acho que a única maneira de adicionar um recheio seria fazê-lo da mesma maneira que você faz profiteroles: basta cortar o gougere horizontalmente com uma faca afiada, adicione o que quiser dentro, e coloque o topo de volta no lugar.