As calorias são uma medida de energia, então tecnicamente os alimentos quentes têm mais energia que os alimentos frios. É possível que a maneira como está cozido possa adicionar gordura (refogue, frite, etc), o que aumentará a energia química disponível.
Mas a verdadeira questão é um fator de absorção - cozinhar produz mais nutrientes disponíveis que o corpo não seria capaz de usar. Esses nutrientes têm calorias? É possível, eu acho, mas para obter os mesmos nutrientes, você teria que comer mais do alimento cru.
Eu realmente não sei calorias são calculadas nos dias de hoje - costumava ser uma medida de quanta energia foi emitida quando o alimento desidratado foi queimado, mas com o advento de coisas como Olestra que são consideradas '0 caloria 'são apenas porque não podem ser absorvidos pelo corpo.
Ouvi dizer que uma das razões suspeitas para o advento da civilização humana foi por causa da culinária que pode ser a fonte da sua pergunta. Do resumo semanal do editor de Apanhando fogo: como a culinária nos tornou humanos :
By making food more digestible and easier to extract energy from, Wrangham reasons, cooking enabled hominids' jaws, teeth and guts to shrink, freeing up calories to fuel their expanding brains.
... mas isso não diz especificamente que acrescentou calorias, pois "liberou a humanidade do trabalho penoso de mastigar", o que exigiria energia. (como as 'calorias negativas' do aipo cru)
update (muitos anos depois):
Eu vou ter que mudar minha suposição de que os artigos que eu citei sugeriram que as mudanças feitas pelo cozimento, além da adição de energia térmica, eram puramente mecânicas.
Um artigo recente fez a notícia sobre o problema com a 'caloria' como uma medida para dieters (que tecnicamente deveria ter sido 'Caloria', ou seja, 'kilocalorie'). Mas eles mencionam que o número impresso em pacotes não é o mesmo que o calorímetro da bomba, mas modificado por ' Atwater values '. .. que assumem que a digestibilidade de todas as gorduras são as mesmas, assim como todos os carboidratos, etc. Mas estudos mostraram que como você cozinhar alimentos pode mudar sua digestibilidade , o que reduz significativamente as calorias que você absorve. Como mencionado no recente artigo sobre calorias, isso é conhecido há décadas, mas não faz parte das fórmulas usadas para rotular:
Wrangham and his colleagues have since shown that cooking unlaces microscopic structures that bind energy in foods, reducing the work our gut would otherwise have to do. It effectively outsources digestion to ovens and frying pans. Wrangham found that mice fed raw peanuts, for instance, lost significantly more weight than mice fed the equivalent amount of roasted peanut butter. The same effect holds true for meat: there are many more usable calories in a burger than in steak tartare.
...
Yet the FDA’s methods for creating a nutrition label do not for the most part account for the differences between raw and cooked food, or pureed versus whole, let alone the structure of plant versus animal cells. A steak is a steak, as far as the FDA is concerned.
O artigo também explica mais pesquisas sobre a ligação entre obesidade e micróbios intestinais - podemos fazer ratos e pessoas obesas através de transplantes fecais. O problema é que cada pessoa pode extrair diferentes quantidades de energia do mesmo alimento, levando a que as pessoas tenham calorias suficientes para se manterem bem antes de se sentirem saciadas.