Também por SRD,
n Armor: It protects you from harm and absorbs damage. When you take damage, subtract your armor from the total. If you have more than one item with n Armor, only the highest value counts.
Se o atacante tiver mais perfurações do que o defensor tenha armadura, o atacante simplesmente excedeu a capacidade da armadura de absorver dano. Na verdade, não causa mais danos.
Olhe de outra maneira. Se o piercing causasse dano extra, seria indistinguível de um modificador de dano +.