A casca é certamente comestível, depende de você usá-la ou não. Se você optar por não descascá-las, tente usar goiabadas grandes e suculentas. As sementes também são comestíveis, mas talvez um pouco irritantes no suco. Então, talvez você possa colocá-lo através de uma peneira depois de ser espremido (ao usar um espremedor). Se você não encontrá-los irritantes, não há problema em deixá-los. Algumas variedades de goiaba têm um odor strong. Se você não gosta disso, você pode fervê-los primeiro, para reduzir isso.
Quanto ao liquidificador, eu nunca tentei eu mesmo, eu encontrei este site que fornece um bom tutorial. Ele diz para cortar as goiabas, colocá-las no liquidificador com um pouco de água extra (a quantidade necessária dependerá de quão suculentas são as goiabas, então não coloque muito com elas no começo), misture, coloque tudo em um limpe a toalha ou um pano de queijo e tente espremer o suco, para que a polpa e as sementes fiquem para trás. Não há nada de errado com a polpa, você pode deixar entrar se não quiser fazer o passo da toalha. Mas seu suco será mais como um smoothie.
Um espremedor seria menos trabalho, mas é mais caro. Talvez tente fazer suco com um liquidificador, e se você realmente gostar, você sempre pode comprar um espremedor de sumos, se você sabe que gosta.
E apenas uma nota lateral: você certamente pode ou congelar as goiabas, para que você não tenha que jogá-las fora.