Eu não tenho nenhuma informação sobre o efeito do pH, mas o amido de milho pode tornar sua compota separada quando enlatada: link .
Dois espessantes alternativos são tapioca e clearjel. Eu usei clearjel para enlatamento com excelentes resultados. Eu não usei tapioca para fazer, mas prefiro em minhas tortas.
(postado como resposta por recomendação de Sobachatina)