O pumpernickel é feito de farinha de centeio. Se uma receita se referir a "farinha de pumpernickel", eles provavelmente estão se referindo à farinha de centeio moída, que é mais grossa do que você usaria para o pão de centeio comum. A farinha de centeio moída grossa permite que você faça os pães de pão de centeio superdensos com os quais você pode estar familiarizado da Alemanha e do Skandinavia. Este estilo de pumpernickel, que é a variedade tradicional, é de cor escura, não do melaço ou de outros aditivos, mas de cozimento muito longo (como em 8 a 16 horas).
Se você quiser um pumpernickel mais leve, mais parecido com o pão de centeio integral vendido nos EUA, use farinha de centeio bem moída combinada com farinha de trigo, além de agentes corantes. Esta é também a mistura usada para bagels de pão de centeio.
Como uma recomendação pessoal, sugiro usar xarope de malte escuro como seu agente de açúcar e corante para o pumpernickel ao estilo americano, em vez de melaço. Xarope de malte escuro pode ser obtido em lojas de suprimentos de cerveja.