Sempre me disseram que alimentos com alto teor de ácido podem fazer com que as leguminosas secas fiquem duras. Eu não posso dizer que eu já adicionei Gouda (embora pareça delicioso), mas eu tive feijão seco ficar duro ao adicionar tomates muito cedo no processo de cozimento. Pensando nisso, olhei para Gouda e fiquei bastante surpreso ao descobrir que é um alimento com alto teor de ácido.
Podem ser outras razões, como leguminosas que são velhas ou difíceis, mas eu suspeito que você já tenha considerado e eliminado aquelas que são muito completas. :)