A percepção de "picante" é completamente dependente da pessoa. E há uma coisa de "construção de tolerância" acontecendo também: o que é intoleravelmente quente para alguém que não está acostumado a aquecer pode nem mesmo se registrar para alguém que come com frequência. Como uma anedota, eu tinha um amigo que começou a comer quente. Depois de um mês, ela começou a pedir ao cozinheiro que usasse tabasco puro em vez de molho de tomate na pizza. Depois de mais um mês, ela reclamou que a pizza foi feita com molho de tomate e a pobre cozinheira teve que deixá-la saboreá-la da garrafa para convencê-la de que a pizza era de fato feita com puro tabasco, simplesmente não tinha o mesmo "chute". "para ela depois da habituação.
De sua descrição de sua sopa sentindo-se quente o suficiente para você depois de adicionar seis habaneros com as sementes, parece que você desenvolveu uma tolerância ao calor extremamente alta. E isso seria uma explicação para o que você observou.
Seis habaneros conterão uma certa quantidade X de capsaicina. Quando sua sopa está fresca, a pimenta tem concentração suficiente de capsaicina que você percebe e aproveita.
Mas quando você o deixa em paz, o caldo dissolve a capsaicina (ao contrário da água pura, a gordura e talvez também os solventes do vinagre o permitem). Então você acaba com uma espécie de "chá capsaicina".
Mas lembre-se que você tem a mesma quantidade de capsaicina X, desta vez diluída em litros de sopa, ao invés de enfiar tudo em uma mordida de pimenta. Então, agora que você morde a pimenta, não consegue o calor. Mas ao beber o caldo, sua concentração é tão baixa que não se registra para alguém com alta tolerância ao calor. Do seu ponto de vista subjetivo, o calor "desapareceu".
A intenção original do autor da receita foi certamente que a sopa inteira fica um pouco quente. E para pessoas com menos tolerância ao calor, funcionará bem. Eles poderão comer o caldo e perceber o calor, mesmo com quantidades muito menores de pimenta.
Para você, parece que você ainda não atingiu a dose que funcionará para você em uma sopa. Assim, você pode adicionar mais capsaicina - use mais pimentas ou encontre uma fonte para as mais quentes. Se a logística é um problema, compre-os secos. Mas note que em nenhum momento a sopa inteira ficará tão quente quanto a pimenta fresca (devido à diluição), e também que você se habituará com o tempo, assim como meu amigo com a pizza tabasco.