Fermenta, como qualquer outra mistura de alimentos, porque existem microrganismos (bactérias e leveduras) no ar e os ingredientes que reproduzem e consomem os açúcares e amidos contidos nele. Qualquer vegetal, fruta ou erva em calda fermentará, a menos que haja algo especificamente para impedir o crescimento de microrganismos. Você não pode se livrar deles apenas lavando a parte externa de tudo, pois esses organismos estão presentes no interior das pimentas, no ar e, principalmente, no alho, que é praticamente uma incubadora de microorganismos.
Para alguns molhos, a fermentação é desejada e pretendida, mas aparentemente para o seu não é. Então, vamos ver como você pode parar a fermentação:
1) enlatamento: se você selar e aquecer o molho de pimenta a um calor suficiente por tempo suficiente, isso impedirá a fermentação mais ou menos indefinidamente até que seja aberto. Dependendo do processo de tratamento térmico e de conservas, ele pode ser armazenado à temperatura ambiente ou pode ser necessário ser refrigerado. Observe que, como você está cozinhando o molho, isso pode mudar seu sabor e textura.
2) Salga: se houver bastante sal em seu molho de pimenta, ele não fermenta porque nada pode viver nele; esse é o segredo das pastas de pimenta que você pode comprar na loja.
3) Ácido: no extremo oposto, se o molho de pimenta for suficientemente ácido, isso também interromperá a fermentação; é assim que os molhos de pimenta estáveis em prateleiras, como o Tabasco, funcionam. Você também precisará esticar os sólidos. Você precisa ter cuidado para adicionar ácidos, como vinagre e ácido cítrico, que não vêm com muito açúcar adicional (como o suco de limão).
4) Conservantes artificiais, como benzoato de sódio, são fortes substâncias antimicrobianas que podem impedir a fermentação.
5) Combinação: como o pimentão e o alho são difíceis do ponto de vista da preservação (os pimentões são baixos em ácidos e com alto teor de açúcar, e eu já mencionei alho), isso pode ajudar a fazer uma combinação de métodos. Quando faço salsa em jarras, adiciono vinagre e posso, e os limões em conserva usam tanto ácido quanto sal.
De qualquer forma, o site da bola tem muito mais conselhos sobre conservas e conservas, você pode encontrar praticamente tudo o que deseja saber por lá e também pode ver as respostas para esta pergunta.