Além do pH e do açúcar que seus tomates trazem (como mencionado nos comentários), acho que há uma terceira parte da explicação - é provável que você adicione mais fermento!
In Fermentação Selvagem Por Sandor Ellix Katz, há uma seção sobre como iniciar um iniciante de fermento. Eles sugerem que, se o seu iniciador nunca começar, você coloca alguns pedaços de frutas - como maçãs ou uvas - e o fermento selvagem que quase invariavelmente habita a casca da fruta faz com que a fermentação aconteça. Não há razão para que os tomates não sejam igualmente habitados.
Suponho que você teste essa hipótese fazendo duas massas, uma à qual você adiciona tomates frescos e outra em que você adiciona tomates da mesma fonte que foram cozidos.