Eu acho que as equações não são referidas aos mesmos axys.
A primeira equação refere-se ao ângulo de ataque, o ângulo entre os dois componentes da velocidade referente aos eixos do corpo (x ao longo do corpo), usando uma estrutura não inercial (como se move com o míssil). Bem, na verdade, seguindo alguns comentários, não é realmente o ângulo de ataque, será o ângulo de ataque no caso específico de v = 0.
As segundas equações parecem estar se referindo à rotação do míssil referido a uma estrutura inercial de um observador externo (por exemplo, a Terra); portanto, na verdade, parece que o movimento real da estrutura do corpo se refere a esse observador em uma rotação específica componente.
Imagine um exemplo: eu sou capaz de fornecer a pressão correta ao míssil de forma a manter u, q e q constantemente girando em um círculo.
Nesse caso, o ângulo de ataque será constante e aumentará o 0 com o tempo, mas o segundo alfa aumentará / diminuirá com um aumento / diminuição constante; essa alteração também será vinculada à rotação do círculo.
Eu acho que você também pode fazer as contas e relacionar as duas equações (você precisará de mais componentes!) Cuidando das forças inerciais.
Comentário final, como você está introduzindo também um segundo termo na segunda equação alfa, parece realmente que é um caso específico no movimento de mísseis.