Na verdade, não foi Silva quem invadiu o sistema MI6, mas Q, quando ligou o disco rígido que eles obtiveram de Silva. Silva planejou tudo isso com antecedência. Ao causar uma explosão dentro da sede do MI6, ele forçou-os a se mudarem para esse antigo bunker (já que ele conhecia seus protocolos de segurança). E ele também sabia que eles tentariam acessar o disco rígido, então ele tornou a senha fácil de adivinhar.
Isso também é explicado no filme, quando Silva escapou e eles perceberam que tudo isso (incluindo sua captura, é claro) foi planejado perfeitamente por ele.