Todos os 3 usos do Metamagic School Focus podem ser usados no mesmo feitiço?

Não. Em geral, você não pode usar um talento mais de uma vez ao mesmo tempo. A chave é que diz "três vezes por dia", o que significa que você pode usar a habilidade três vezes diferentes durante o dia. Existem habilidades que permitem que você empilhe seus usos ainda mais como você está perguntando, mas aqueles especificamente afirmam isso.

Note também que quando fala sobre conjuradores preparados, diz que você pode preparar três feitiços diferentes que são afetados por este feito a cada dia, sem mencionar a possibilidade de combinar os usos.

Sim, os usos podem ser usados simultaneamente, no mesmo feitiço. A chave é:

Three times per day, you can reduce by one level the cost of a metamagic feat applied to a spell of the chosen school.

A redução ocorre quando o talento metamágico é aplicado à magia, e isso pode acontecer várias vezes durante um lançamento.