Depois de ler a sua pergunta, se estiver marcada, os 2 principais livros em que eu suspeitava que o assunto poderia ser coberto: Unwired (para NPCs AI) e Runner's Companion (para PCs AI).
Primeiro de tudo, eu estou supondo que você quer dizer commlink (já que a tag sugere Shadowrun4, e o cyberdeck faz seu retorno no Shadowrun5).
Considerando a natureza dos IAs (já que eles não usam corpo), eu iria contra eles usando equipamento. Há uma decisão no Runner Companion sobre a compra de programas (Codebase RC89).
Além disso, com a seção "Body Electric" (RC 88-89), eles só têm uma Matrix Damage Track (então eles não se beneficiariam de Cold Sim vs Hot Sim). O dano que eles podem receber é como os dos agentes.
Considerando a natureza dos AIs, eu usaria as mesmas regras como Agentes, ICs e Sprites: "Agentes, IC e sprites têm uma Iniciativa igual a Pilot + Response. Como agem em velocidade digital, recebem dois Passos Adicionais da Iniciativa (três no total)." (SR4A p.236)