Por RAW, os mortos-vivos vão fugir. O assistente ainda estará no controle dos mortos-vivos uma vez que ele pare de rodar, mas o efeito do Turn Undead irá sobrescrever esse controle, pelo menos por um tempo.
Mudar isso não seria bom. Se um necromante está atacando seu grupo com uma horda de mortos-vivos, então o clérigo deve ser capaz de virar esses mortos-vivos sem ter que se preocupar com um teste extra para fazer o turno funcionar. Já existem mecanismos para que os conjuradores tornem menos provável o seu morto-vivo (como o desfasamento ou o talento Resistência ao Inversor), portanto, adicionar uma nova camada de defesa anti-giro não é necessário. Além disso, o giro normalmente não funciona contra nada além do mais fraco dos inimigos, já que os mortos-vivos mais poderosos têm Resistência ao Turno e muito HD, o que os torna difíceis de virar.
Além disso, a solução que você propõe (checar cheque vs. checagem de nível de conjurador) é muito ponderada contra o giro. Um teste de turno é 1d20 + Cha, onde um teste de nível de conjurador é 1d20 + nível de conjurador. Exceto em níveis muito baixos, o nível de conjurador é quase sempre muito maior do que o bônus de carisma de um clérigo, então isso tornaria muito difícil o undead controlado.