Disclaimer: Isto não é especificamente em Kyoto. É cerca de 1h de trem / carro da estação de Kyoto.
O Museu de Ferramentas de Carpintaria Takenaka pode ser o que você está procurando por. Está localizado em Kobe, perto de Osaka.
O museu apresenta MUITAS informações e mostra como a marcenaria e a carpintaria evoluíram do Japão pré-histórico até os dias modernos. O edifício é lindo e há muitos exemplos das diferentes técnicas demonstradas.
Você também pode pedir um guia de áudio muito completo que conclua a visita muito bem (o que eu recomendo que você faça).
Um ponto de bônus é que, enquanto em Kobe, você pode comer um incrível Kobe Beef!