Qual é a diferença entre o ouro e o preto tatuado de Jaffa?

Tem a ver com rank.

O Wiki do Stargate tem, no artigo sobre Jaffa Marks :

All Jaffa have a mark on their foreheads signifying the Goa'uld they are in service to. For most Jaffa, the mark is simple black ink. However, higher ranked Jaffa can be given more ornate, ostentatious tattoos. Jaffa in high standing have been known to be marked by a silver tattoo (for example Fro'tak), and the First Prime to a Goa'uld are given the gold embossed mark of their respective god.

Então, o ouro é o melhor classificado, mas alguns também têm a prata para se destacar.

O líder dos Jaffas dos Goa'uld tem o título de Primeiro-Primeiro. Aquele primeiro-primo é o Jaffa com o emblema de ouro. Todos os outros Jaffa sob aquele Goa'uld têm as tatuagens pretas. Quando um Jaffa é feito o primeiro-primo, o símbolo para o Goa'uld é esculpido na testa, então o ouro derretido é derramado nas feridas, o que garante a coloração de ouro.

Teal'c descreveu o processo no início do SG-1. Você pode ler mais sobre o First Primes no Wiki do Stargate .