Sim, magia da flecha e do arco combinam e empilham enquanto são diferentes.
Você pode ver isso na descrição das várias propriedades especiais:
Flaming [...] Bows, crossbows, and slings so crafted bestow the fire energy upon their ammunition.
Flaming Burst [...] Bows, crossbows, and slings so crafted bestow the fire energy upon their ammunition.
Frost [...] Bows, crossbows, and slings so crafted bestow the cold energy upon their ammunition.
E assim por diante.
Nem toda propriedade especial diz isso: dança não (o que faz sentido, pois é apenas melee), defender não (já que a única coisa O que você faz é trocar o bônus de melhoria da arma, que já é transferido para a munição por padrão), mas praticamente toda propriedade especial onde faz sentido, tem essa linha.
É tão comum que, na verdade, trataria qualquer caso que deixasse de mencioná-lo, mas onde isso faria sentido como um erro e presumisse que também poderia ser transferido. Eu também ignoraria o fato de que as regras chamam arcos, bestas e slings; no caso de algum outro tipo de arma de projétil, eu permitiria isso também. Realmente, deveria ter sido uma regra geral, mas por alguma razão eles não fizeram assim. Talvez eles estivessem preocupados com uma defesa arco drenando uma seta +5 de seu aprimoramento e ganhando AC? Deveria ter acabado de invocar defesa como uma exceção lá, na minha opinião, mas tudo bem.
No entanto, os mesmos bônus de fonte ainda não acumulam. Se você atirar em uma flecha flaming de um arco flaming , o dano de fogo + 1d6 da instância de flaming (digamos, o arco) não empilhar com a outra instância de flaming (a seta, neste caso). Da mesma forma, os bônus do mesmo tipo não se acumulam: isso é explicitado explicitamente para bônus de melhoria, mas ainda é válido para outros bônus. Então, se duas propriedades diferentes dessem, digamos, bônus sagrados ao dano, encontrados na proa e na flecha, o bônus final seria o maior dos dois.