Esta é uma técnica usada para molhos que são de outra maneira muito grossos, como um marinara bem reduzido ou um molho cremoso (que vai engrossar à medida que esfria). Você não iria adicioná-lo a um molho que já está na textura certa.
Como você deduz, sim, é o tipo de coisa que você faz antes de servir. Você ferve o macarrão, salve um pouco da água e mexa no molho. Você pode dar mais um minuto de cozimento para garantir que tudo esteja bem incorporado, em seguida, prato do prato. O amido na água dá uma textura macia que simplesmente afinar com água pura não conseguiria.
Este é um velho truque de restaurante, e eles fazem isso de forma um pouco diferente. Eles acabam usando a mesma água repetidamente, talvez para todo o serviço, por isso é muito grosso e grosso. Fazê-lo em casa é um pouco diferente, já que você não terá tanto amido, mas ainda é uma fonte pronta de água quente que pode ser usada para aperfeiçoar a textura de um molho espesso.
Molhos cremosos como o alfredo são especialmente úteis para isso: a água do amido não muda a textura tanto quanto o creme durante o resfriamento, de modo que o prato fica no nível certo de espessura enquanto a lanchonete come. Isso pode não ser tão necessário em casa, onde não é necessariamente parte de um longo serviço de jantar (e onde o prato não terá que esperar no passe para que outros pratos terminem). Ainda assim, é uma boa ferramenta para ter na sua caixa de ferramentas.
Então, se você tem um molho de tomate perfeito, não faça nada além de comê-lo. Mas se você estiver cozinhando o dia todo e descobrir que é mais "ragu" do que "molho", a água com pasta de amido é a ferramenta certa, ali mesmo.