Por RAW: Não há nada sugerindo que seja reconhecido, já que o impacto não tem nada indicando que isso revela o fato de que é um ferimento. Ser uma habilidade sobrenatural significa que ela não tem custos com componentes e, portanto, nenhuma verificação pode ser feita para reconhecer uma ferida.
Para fins de regras da casa: Sim, um Paladino deve reconhecer o uso de Smite. É uma habilidade que eles têm e, como tal, devem ser capazes de reconhecer a habilidade que está sendo usada contra eles. Em 5e isso não é uma pergunta porque Smite adiciona dano radiante. Em 3.5, porém, apenas pune o bem / o mal, mas em uma extensão tão pequena que não seria reconhecível a menos que você adicionasse algum sabor ao golpe.
Exemplo: Seu dano de ferida não se aplica ao golpe físico (embora isso ainda seja necessário para entregar a punição), mas ao invés disso pune o jogador por sua natureza má / boa. Isso significa que, além do ataque regular, o golpe atinge os níveis de x de paladino / guarda-costas contra a própria natureza da pessoa e, portanto, fornece uma indicação de uso de habilidade sobrenatural.