Eu acho que depende de qual peixe e do jeito que está cozido. Se é cozido no vapor, escalfado, ou en papillote , a pele de peixe pode ser bastante desagradável para alguns clientes, e, como você diz, a maneira convencional de comer o peixe seria levantar a carne da pele, especialmente se ao mesmo tempo você estiver separando a carne dos ossos.
Mas se for um peixe mais oleoso ou mais carnudo, frito na frigideira ou grelhado, a pele pode ser crocante de maneira deliberada, caso em que deve ser comido. (Isso, novamente, é muito mais fácil de comer se o peixe foi filetado do osso antes de cozinhar.) Nesse caso, às vezes é mais atraente, e mantém a pele mais nítida, para servir a pele para cima.