Eu os guardaria do lado de fora, não dentro da geladeira. A temperatura do refrigerador faz com que qualquer coisa que contenha farinha fique obsoleta rapidamente. É claro, às vezes as pessoas têm que conviver com isso, como quando fazem um bolo com cobertura perecível ou recheio. Mas os biscoitos não são perecíveis, então eles são melhor armazenados fora da geladeira.
Quanto a colocá-los em um recipiente lacrado ou não, isso depende do cookie. O tipo mais difícil faz tudo certo no ar e pode ficar flácido em um recipiente selado. Se eles são moles, eles são provavelmente melhor cobertos. Ainda é preferível não isolá-los completamente, um saco de lona ou uma caixa de pão com fendas de ventilação é melhor.