Vamos ver o que as regras realmente dizem
Nonproficient with Armor Worn: A character who wears armor and/or uses a shield with which he is not proficient takes the armor's (and/or shield's) armor check penalty on attack rolls as well as on all Dexterity- and Strength-based ability and skill checks. The penalty for nonproficiency with armor stacks with the penalty for shields.
Parece que é basicamente o que você disse como "as penalidades óbvias". O Pathfinder não possui regras não escritas que implicariam o resto. Faz apenas o que diz que faz. Então você não tem outras penalidades além do que é impresso. Especificamente para a sua pergunta, você não recebe uma penalidade de salvamento de reflexos.
Como Wyrmwood apontou abaixo, você teria uma penalidade CMB como manobras de combate são ataques e penalidades para o ataque se aplicam às suas manobras de combate, também. Citação abaixo retirada do PRD - > Combate - > Manobras de Combate.
Combat maneuvers are attack rolls, so you must roll for concealment and take any other penalties that would normally apply to an attack roll.