Is this not required as part of the application?
Como não é mencionado na lista de documentos necessários, significa que você não deve fornecê-lo com o aplicativo.
If not, how is the link made between my application/GWF number and my documents?
Eu não acho que você deveria se preocupar com isso. Existem várias maneiras de retirar o aplicativo do sistema (um deles é o número do seu passaporte associado ao GWF). Além disso, quando você envia um pedido por meio de TLS, eles colocam todos os documentos em um envelope sob um GWF. O VFS pode estar fazendo o mesmo.