Muitas coisas em Tolkien vêm em três.
Três famílias dos Elfos, três casas dos Edain, três subtipos de Hobbit, três Anéis para os Reis Élficos sob o céu, três vezes que Huan foi autorizado a falar, três uniões de Elfos e Homens, três Idades do Sol e assim por diante.
Não tenho conhecimento de nenhuma razão em particular por que existem três Silmarils e não dois ou quatro, mas também não estou ciente de qualquer necessidade por tal motivo. Talvez Feanor só tivesse matéria-prima suficiente para produzir três? Pode ser tão simples assim.
Cada Silmaril contém a luz blended de both Trees, portanto, tentar fazer uma conexão "one Silmaril por árvore" é uma abordagem errada para começar.
Isso também responde à sua pergunta sobre a cor deles; como o capítulo Das Silmarils e a agitação dos Noldor nota:
And the inner fire of the Silmarils Feanor made of the blended light of the Trees of Valinor...
Quando voltarmos para Do começo dos dias , aprenderemos a cor dessa luz mesclada:
Thus in Valinor twice every day there came a gentle hour of softer light when both trees were faint and their gold and silver beams were mingled.
Portanto, a luz emitida pelas Silmarils foi misturada com ouro e prata.